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荧光探针合成

吉玛拥有处于国际领先水平的siRNA化学合成、定量PCR荧光探针合成及多种核苷酸化学修饰的全部核心技术,公司的技术队伍以在国外留学和工作多年的资深学者领衔,由多位在该技术领域具有丰富经验的博士和硕士组成。

产品描述

荧光探针合成(Fluorescence Labeled Probe Oligos)

吉玛拥有处于国际领先水平的siRNA化学合成、定量PCR荧光探针合成及多种核苷酸化学修饰的全部核心技术,公司的技术队伍以在国外留学和工作多年的资深学者领衔,由多位在该技术领域具有丰富经验的博士和硕士组成。

质量管理:我们所有的寡核苷酸都经过严格的合成监控与质量检测,长度与标记由PAGE+HPLC来分析确认品质,确保无污染或部分标记或无标记探针的存在。

纯度及长度:可根据要求进行除HPLC及PAGE之外的其它纯化,长度7-40 mers 。

产品形式:产品以干粉形式贮运。

技术资料:包括合成的序列、纯化方式、Epsilon消光系数值、oligo的分子量、数量(OD量及nmol数)

市面上常用的荧光基团和淬灭基团相匹配的探针组合

淬灭基团种类

荧光报告基团种类

DABCYL 6-FAM,TET,JOE,HEX,Cy3等
TAMRA 6-FAM,TET,JOE,HEX等
BHQ1 6-FAM,TET,JOE,HEX,Cy3等
BHQ2 TAMRA,Cy3,ROX,Texas Red等
BHQ3 Cy5,Cy5.5等


Dye Absorption wavelength Emission wavelength Colour
FAM 495 520 Green/yellow
TET 525 550 Orange/yellow
HEX 535 565 Pink
Quasar 570(cy3) 550 570 Dark pink
TAMRA 550 575 Red
ROX 580 605 Purple
CAL Fluor Red 610 590 610 Orange /red
Quasar 670(cy5) 650 670 Blue


经多年努力实践,本公司掌握了从上游探针原料把控到下游探针产品合成等一系列成熟质量方案,所生产的探针产品基本上能够满足客户要求,本公司产品详情具体请见下图各种探针修饰的搭配信息:

5'荧光报告基团 3'淬灭基团 5'荧光报告基团 3'淬灭基团
5'-FAM 3'-Dabcyl 5'-CY3 3'-BHQ-l
3'-BHQ-l 3'-BHQ-2
3'-TAMRA 5'-TAMRA 3'-BHQ-l
5'-HEX 3'-Dabcyl 3'-BHQ-2
3'-BHQ-l 5'-FAM 3'-MGB
3'-TAMRA 5'-HEX
3'-BHQ-2 5'-TET
5'-TET 3'-Dabcyl CAL Fluor Red 610 3'-BHQ-2
3'-BHQ-l 3'-TAMRA
3'-TAMRA
3'-BHQ-2
5'-CY5 3'-BHQ-2
MGB原料为本公司新开发的新品,MGB探针的淬灭基团采用非荧光淬灭基团(Non-Fluorescent Quencher) 本身不产生荧光,可以大大降低本底信号的强度。为了获得同样的Tm值,MGB探针可以比普通TaqMan探针设计得更短, 既降低了合成成本,也使得探针设计的成功率大为提高,因为探针上接有MGB (Minor Groove Binder)修饰基团,可以将探针的Tm值提高5-10°C左右.

免费赠送引物

功能介绍与实验实例

TaqMan 探针是一探针,它设计与目标序列上游引物和下游引物之间的序列配对。PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针,两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。探针完整时,报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收;PCR扩增时,Taq酶的5'-3'外切酶活性将探针酶切降解,使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离,从而荧光监测系统可接收到荧光信号,即每扩增一条DNA链,就有一个荧光分子形成,实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。 

实验实例: 

吉玛公司Taqman探针标准曲线图,拥有良好的线性范围和灵敏度。                   













使用方法

Q-1 TaqMan探针的工作原理是什么?

      TaqMan 探针是一种寡核苷酸探针,荧光基团连接在探针的5’端,而淬灭基团则在3’末端。当探针与靶序列配对时,荧光基团发射的荧光因与3’端的淬灭基团接近而被淬灭。在进行延伸反应时,聚合酶的5’外切酶活性将探针切断,使得荧光基团与淬灭基团分离,发射荧光。一分子的产物生成就伴随着一分子的荧光信号的产生。随着扩增循环数的增加,释放出来的荧光基团不断积累。因此TaqMan探针检测的是积累荧光。
 
Q-2 TaqMan探针设计时应该遵循哪些原则?

1.扩增长度不应超过400bp,最好控制在70-150bp内,扩增片段越短,越容易获得有效的扩增产物;
2. 探针应位于两引物之间,探针的Tm值要比引物的Tm值高8-10℃,应在68-70℃之间;
3.探针所选序列应该高度特异,尽量选择具有最小二级结构的扩增片段;
4.探针中碱基G、C的含量应在20%~80%之间
5.避免同种碱基成串出现,
6.碱基G不要出现在5’末端;
7.探针中碱基C的数量应多于碱基G,否则用其互补的序列;
 
 
 
Q-3 探针标记的荧光基团和淬灭基团应该如何选择?

      当TaqMan探针完整时,5′端 的荧光物质受到 3′端的淬灭物质的制约,不能检出荧光,所以探针的报告基团的发射波长要在淬灭基团的吸收波长范围内。 

淬灭基团种类 淬灭基团性质 使用的报告基团种类
TAMRA 荧光物质 FAM,HEX,TET,JOE 等
ECLIPSE 非荧光物质 FAM,HEX,TET,JOE,TAMRA,ROX 等
BHQ系列染料 BHQ0 非荧光物质 BODIPY493/503,BODIPY FL 等
BHQ1 FAM,HEX,TET,JOE 等
BHQ2 CY3,TAMRA,ROX,Texas Red,CY5 等
BHQ3 CY5 等

Q-4 合成的探针应该如何定量?
      由于核酸在260nm附近有此强吸收,因此常根据性质,用紫外分光光度计测定探针溶液在260nm的吸光度值,用OD值来表示。1OD是指:置于光路长度为1cm的比色皿中的DNA\RNA的量为1OD。
 
Q-5 合成的探针应该如何保存?

 1. 荧光探针必须避光保存。

 2. 吉玛提供数管已分装的干品便于客户贮存,干品可于-80℃保存半年以上,如无条件,请于-20℃保存。

 3. 强烈建议用RNase-free的TE(pH8.0)buffer溶解探针,这样得到的探针溶液更稳定,保存时间更长。因为吉玛提供分装好的干品以避免探针溶液反复冻融,客户可直接将探针配置成工作液(10μmol/L或20μmol/L),同时分装成几分,暂时不用部分于-20℃保存。
 
 
Q-6 TaqMan探针的实时定量PCR反应选择什么条件?

用TaqMan探针进行实时定量RT-PCR需要优化的条件为 【预变性】 95℃ 30 秒 
通常预变性时间为 30 秒,环状质粒和基因组DNA 等难变性的模板可以延长至 1~2 分钟,但时间过长酶容易失活,不推荐使用 2 分钟以上的条件。 
【两步法 PCR】 


变性 95℃ 3~5 秒 Real Time PCR 扩增片段通常在 300 bp 以下,只需要 95℃、3~5 秒的变性设置。
退火/延伸 56~64℃ 20~30 秒 首先采用 60℃、20 秒的条件设定,反应温度可在 56~64℃范围内进行调整。反应性能较差时,可以适当增加这一步的反应时间。


Q-7 TaqMan探针的实时定量PCR体系应该如何优化?

 用杂交探针进行实时定量RT-PCR需要优化的条件为: 

1)MgCl2的浓度:在4-8mM之间进行选择。 
2)杂交探针的浓度:初实验用0.2uM,如果荧光信号强度不足,可以增加至0.4uM。 
3)模板浓度设置:优化的扩增须进行一系列稀释度的实验,在条件有困难的情况下,至少要进行两个稀释度的测定。选用1pg-1ug的总RNA或是mRNA。 
4)对照设置:每个引物都要设无模板对照,阳性对照以及污染对照。 

PCR实验步骤
 
引物稀释: 
根据引物标签上的nmole量来稀释引物,加入nmole量10倍体积的灭菌双蒸去离子水即得100μM的储存液,例如nmole=4.1,则加入41μl灭菌双蒸去离子水即得到该引物浓度为100μM的储存液。 

探针稀释: 
同上述引物稀释。 

推荐逆转录反应体系(以Promega逆转录试剂为例):


组份

终浓度

用量/反应

5×RT Buffer

4.0 μl

dNTP (10 mM)

0.375 mM

0.75 μl

miRNA RT Primer(1 μM)

60 nM

1.20 μl

RNasin (40U/μl)

0.5 U/μl

0.25 μl

MML V Reverse Transcriptase (200U/μl)

40 U

0.20 μl

RNA Sample

1-3 μg

μl

RNase Free H2O

To 20μl



逆转录程序:
26 40 min;42℃ 40 min;85℃ 10min4℃ hold.

推荐实验体系:



组份

终浓度

用量/反应

2×Real-time PCR Master Mix(FAM) 

10μl

miRNA specific Primer set (10μM)   0.2 μM  0.4 μl
miRNA specific Probe (10μM)

0.1 μM-0.2 μM

0.20 μl-0.4 μl

rTaq DNA Polymerase (5U/μl)

1 U

0.20 μl

cDNA

2μl

RNase Free H2O

To 20μl








Real-Time PCR程序:
95℃ 3min(根据自己的酶类型调整反应时间)

95℃ 12s
62℃ 40 (采集荧光)

40 cycles


产品说明书

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1. RNA干扰研究工具
2. MicroRNA研究工具 

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